Do zadań Instytucji Zarządzającej PO KL należy przygotowanie kryteriów wyboru projektów, które następnie są przedkładane do akceptacji Komitetu Monitorującego, zgodnie z art. 65 lit. a) rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylającego rozporządzenie (WE) nr 1260/1999. Do szczegółowych zadań Instytucji Zarządzającej PO KL należą ponadto, m.in.:

• opracowanie opisu systemu zarządzania i kontroli dla PO KL,
• opracowanie procedur dla Instytucji Zarządzającej PO KL i zatwierdzanie procedur Instytucji Pośredniczących,
• przygotowanie, we współpracy z Instytucjami Pośredniczącymi, wzorów sprawozdań oraz wzorów wniosków aplikacyjnych i innych dokumentów związanych z realizacją Programu,
• przygotowanie wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków w ramach PO KL,
• przygotowanie wytycznych dotyczących wdrażania projektów innowacyjnych i współpracy ponadnarodowej,
• powołanie Komitetu Monitorującego PO KL, kierowanie jego pracą i zapewnienie mu wymaganych dokumentów, umożliwiających monitorowanie wdrażania PO KL w świetle jego celów,
• przygotowanie okresowych, rocznych i końcowych sprawozdań na temat realizacji PO KL i przekazywanie ich do akceptacji Komitetu Monitorującego PO KL,
• przekazywanie rocznych i końcowych sprawozdań z realizacji PO KL do Komisji Europejskiej po ich zatwierdzeniu przez Komitet Monitorujący,
• przygotowywanie poświadczenia i deklaracji wydatków oraz wniosku o płatność w ramach PO KL do instytucji certyfikującej,
• dokonywanie oceny postępów realizacji PO KL na podstawie sprawozdań,
• monitorowanie stopnia realizacji wskaźników oraz odchyleń w realizacji wybranych wskaźników,
• prowadzenie kontroli realizacji PO KL, w oparciu o Roczny Plan Kontroli, w tym prowadzenie kontroli systemowych w IP oraz, w szczególnie uzasadnionych przypadkach, kontroli na miejscu projektów,
• opracowanie wskazówek dla Instytucji Pośredniczących dotyczących przygotowania Rocznych Planów Kontroli w ramach priorytetów oraz ich zatwierdzenie, nadzorowanie Instytucji Pośredniczących w prowadzonych kontrolach,
• przygotowanie raportów o nieprawidłowościach oraz przekazywanie ich do uprawnionych instytucji, zgodnie z systemem realizacji Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia,
• zapewnienie prowadzenia ewaluacji PO KL zgodnie z wymogami UE, w szczególności zadania te dotyczą przygotowania planu ewaluacji dla PO KL oraz współpracy z Instytucjami Pośredniczącymi w przygotowaniu ich planów ewaluacji, prowadzenia ewaluacji PO KL oraz nadzorowania wykonywania ewaluacji przez Instytucje Pośredniczące,
• zapewnienie utrzymywania przez beneficjentów odrębnego systemu księgowego albo odpowiedniego kodu księgowego dla wszystkich transakcji związanych z operacją, bez uszczerbku dla krajowych zasad księgowych,
• przekazywanie Instytucji Certyfikującej wszystkich niezbędnych informacji o procedurach i weryfikacjach prowadzonych w odniesieniu do wydatków na potrzeby poświadczania,
• zapewnienie realizowanej przez komórki audytu wewnętrznego w Instytucji Zarządzającej harmonizacji i monitorowania wykonywania audytu wewnętrznego w ramach programu operacyjnego, zgodnie z powszechnie uznawanymi standardami audytu, umowami międzynarodowymi oraz odpowiednimi regulacjami dotyczącymi zarządzania i kontroli środków publicznych pochodzących z budżetu Unii Europejskiej,
• udział we wdrożeniu i użytkowaniu systemów informatycznych dla potrzeb monitoringu i kontroli,
• przekazywanie Komisji Europejskiej rocznej i wieloletniej prognozy wydatków w ramach PO KL na bieżący i następny rok,
• opracowanie szczegółowego Planu Komunikacji dla PO KL oraz nadzorowanie działań komunikacyjnych prowadzonych przez Instytucje Pośredniczące,
• zapewnienie zgodności realizacji PO KL z wymogami informowania i promocji,
• przechowywanie wszelkiej dokumentacji związanej z wdrażaniem PO KL przez 3 lata od daty zamknięcia programu lub częściowego zamknięcia programu.

Funkcje Instytucji Zarządzającej pełni Ministerstwo Rozwoju Regionalnego:
www.mrr.gov.pl
www.funduszestrukturalne.gov.pl