Szczegółowe informacje dotyczące kwalifikowalności wydatków w Programie Operacyjnym Kapitał Ludzki znajdują się w Wytycznych w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach PO KL. Dokument jest dostępny w zakładce: Akty prawne i dokumenty – Wytyczne i komunikaty MRR

Co do zasady, wszystkie wydatki w ramach Programu Kapitał Ludzki są kwalifikowalne, pod warunkiem, że:

• są niezbędne dla realizacji projektu, a więc mają bezpośredni związek z celami projektu,
• są efektywne, tj. spełniają wymogi odpowiedniego zarządzania finansami (relacja nakład/rezultat),
• zostały faktycznie poniesione,
• są udokumentowane,
• zostały przewidziane w zatwierdzonym budżecie projektu zgodnie z zasadami w zakresie konstruowania budżetu w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki,
• nie zostały wymienione w katalogu wydatków niekwalifikowalnych w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki w podrozdziale 4.1;
• zostały poniesione zgodnie z zasadami określonymi w Wytycznych w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach Programu Kapitał Ludzki;
• są zgodne z odrębnymi przepisami prawa krajowego i wspólnotowego, w szczególności z ustawą Prawo zamówień publicznych.

Dowodem poniesienia wydatku jest opłacona faktura lub inny dokument księgowy o równoważnej wartości dowodowej wraz z dowodami zapłaty. W ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki niedozwolone jest podwójne finansowanie wydatku tzn. zrefundowanie całkowite lub częściowe danego wydatku dwa razy ze środków publicznych – wspólnotowych lub krajowych, w szczególności:

• zrefundowanie tego samego wydatku w ramach dwóch różnych projektów dofinansowanych w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki lub innych programów operacyjnych finansowanych z funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności;
• zrefundowanie podatku od towarów i usług (VAT) w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki, a następnie odzyskanie tego podatku ze środków budżetu państwa;
• zakupienie środka trwałego z udziałem środków dotacji krajowej wykorzystanej na współfinansowanie projektów finansowanych ze środków wspólnotowych, a następnie zrefundowanie jego amortyzacji w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki;
• otrzymanie refundacji ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności na wydatek, który wcześniej został sfinansowany z preferencyjnej pożyczki ze środków publicznych oraz niedokonanie niezwłocznego zwrotu refundowanej części tej pożyczki;
• rozliczenie tego samego wydatku w kosztach bezpośrednich oraz w kosztach pośrednich projektu

Jeżeli w związku z realizacją projektu w ramach Programu Kapitał Ludzki powstaną przychody, istnieje obowiązek ujawnienia ich. Każdy przychód uzyskany w ramach projektu pomniejsza kwotę kolejnych płatności w ramach projektu – w całości lub proporcjonalnie do tego, w jakim stopniu do jego osiągnięcia przyczynił się projekt realizowany w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki.

Aktywa wytworzone lub nabyte  (np. środki trwałe, takie jak maszyny czy urządzenia w firmie) w ramach projektu nie mogą zostać zbyte przez Beneficjenta za uzyskaniem korzyści majątkowej w okresie 5 lat od zakończenia realizacji projektu. W przypadku naruszenia powyższego przepisu, beneficjent zostanie wezwany do zwrotu środków wykorzystanych na zakup aktywów wraz z odsetkami.

Podręcznik przygotowywania wniosków o dofinansowanie projektów w ramach PO KL dostępny jest w zakładce: Akty prawne i dokumenty – PO KL Dokumenty programowe – System realizacji PO KL